Προθερμάνετε τον φούρνο στους 200°C και τοποθετήστε τη σχάρα στη μεσαία θέση.
Απλώστε τα κρεμμύδια, τις πιπεριές και τα ντοματίνια σε ένα πυρίμαχο σκεύος. Πασπαλίστε με 1 κ.γ. ρίγανη, νιφάδες κόκκινου πιπεριού και λίγο θυμάρι. Περιχύστε με λίγο ελαιόλαδο.
Τοποθετήστε τη φέτα πάνω από τα λαχανικά. Αλατοπιπερώστε και προσθέστε την υπόλοιπη ρίγανη, τις νιφάδες πιπεριού και το θυμάρι. Ρίξτε γενναιόδωρη ποσότητα ελαιόλαδου πάνω στη φέτα και λαδώστε ελαφρώς τα τοιχώματα του σκεύους.
Ψήστε στη μεσαία σχάρα για 20-30 λεπτά, μέχρι να μαλακώσει η φέτα και να ροδίσουν ελαφρώς τα λαχανικά.